La città fu fondata nel 1070 da Olaf Kyrre e venne considerata la capitale della Norvegia fino al 1299. Rimase, comunque, la città più popolata ed il maggiore centro commerciale del paese fino al XIX secolo. Le basi della sua ricchezza venivano dai traffici marittimi. Era soprattutto il merluzzo, catturato lungo le coste scandinave, a muovere l'economia cittadina. Il pesce, salato ed essiccato, a Bergen veniva venduto ai mediatori che, da lì, lo inviavano ai mercati europei. Svolgevano questo ruolo soprattutto i tedeschi della Lega Anseatica. Nel 1349 scoppiò la peste, portata, pare, dall'equipaggio di una nave inglese. Nel 1360 la città entrò ufficialmente nell'Hansa. Gli Anseatici disponevano in città di un proprio quartiere, che governavano in autonomia, e godevano di grandi privilegi, come il monopolio nel commercio con i pescatori che, ogni estate, si dirigevano verso Bergen dalla Norvegia settentrionale. Nel rapporto tra i tedeschi e la città non mancarono incidenti ed episodi sanguinosi. Nel 1536, il re riuscì ad imporre ai mercanti dell'Hansa l'alternativa tra il prendere la cittadinanza norvegese o essere espulsi. La comunità della Lega, sia pur ridotta ed ormai naturalizzata, mantenne comunque il monopolio del commercio con il Nord del Paese fino alla fine del XVIII secolo. Bergen era anche il principale centro religioso norvegese, con la presenza di numerosi monasteri. Fu attraverso la città che il Luteranesimo, portato dai soliti mercanti anseatici, si diffuse nel paese. Cristiania, l'odierna Oslo, divenne capitale della Norvegia nel 1814 e, a partire dal 1850, si affermò come principale città del paese, soppiantando Bergen. Nel 1916, un incendio devastò buona parte del centro cittadino di Bergen (altri incendi si erano verificati nel 1702 e nel 1855). Nel 1944, durante la Seconda Guerra Mondiale, una nave da guerra tedesca esplose nel porto, causando molte vittime e gravi danni a diversi edifici storici. Nel 1972 la città raggiunse i confini attuali, allargandoli fino a comprendere diversi centri vicini.